นับตั้งแต่ พ.ศ. 2503 ที่ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงมีพระราชดำริอนุรักษ์ต้นยางนา และได้มีโครงการป่าไม้สาธิต ทดลองปลูกต้นยางนาในสวนจิตรลดา และได้รวบรวมพรรณไม้จากภาคต่าง ๆ จากทั่วประเทศ มาปลูกในสวนจิตรลดา ใกล้พระตำหนักเรือนต้น เพื่อให้นิสิต นักศึกษา ได้ศึกษา ในปี พ.ศ. 2528 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงมีพระราชดำริให้อนุรักษ์ต้นขนุนในพระบรมมหาราชวัง ที่ปลูกหลังพระที่นั่งไพศาลทักษิณ ซึ่งโครงการส่วนพระองค์ฯ สวนจิตรลดา ได้สนองพระราชดำริทำการเก็บรักษาพันธุ์พืชเอกลักษณ์โดยวิธีการเลี้ยงเนื้อเยื่อ พ.ศ. 2532 ได้ดำเนินการอนุรักษ์และขยายพันธุ์หวายโดยการเลี้ยงเนื้อเยื่อ และทดลองปลูกหวายในศูนย์ศึกษาการพัฒนาอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ

          สืบเนื่องจากพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี จึงถือกำเนิดขึ้น และเป็นโครงการที่ดำเนินการตามพระราชดำริ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ที่ทรงมีพระราชกระแสกับนายแก้วขวัญ วัชโรทัย เลขาธิการพระราชวัง เมื่อเดือนมิถุนายน 2535 พระราชทานพระราชดำริเมื่อวันที่ 8 กุมภาพันธ์ 2536 และได้มีพระราชานุมัติแต่งตั้งคณะทำงาน และแผนงานในเดือนเมษายน 2536 ซึ่งได้มีการประชุมผู้ทรงคุณวุฒิในด้านต่าง ๆ กำหนดพรรณไม้ที่จะดำเนินการอนุรักษ์โดยเร่งด่วน