ศูนย์วิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยราชภัฎสงขลาเป็น 1 ใน 17 ดำเนินการภายใต้โครงการพัฒนาการเรียนการสอนวิทยาศาสตร์และวิทยาศาสตร์ประยุกต์ ในสถาบันราชภัฏ (โครงการ พวส.) ซึ่งเป็นโครงการเงินกู้ธนาคารโลก โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาศักยภาพของมหาวิทยาลัย ในการจัดการศึกษาสาขาวิทยาศาสตร์และวิทยาศาสตร์ประยุกต์ ทำการวิจัยอบรมครูวิทยาศาสตร์ และวิทยาศาสตร์ประยุกต์ รวมทั้งให้บริการวิชาการแก่ชุมชนเพื่อพัฒนาท้องถิ่น การดำเนินงานในระยะแรก เป็นการดำเนินงานตามโครงการพวส. สำนักงานสภาสถาบันราชภัฏ โดยเรียกหน่วยงานในขณะนั้นว่า โครงการพัฒนาการเรียนการสอนวิทยาศาสตร์และวิทยาสาสตร์ประยุกต์ ในสถาบันราชภัฏสงขลา (โครงการพวส.สงขลา) และเมื่อมีความพร้อมมากขึ้น กล่าวคือเมื่ออาคารแล้วเสร็จครุภัณฑ์ได้รับการติดตั้งจึงได้เปลี่ยนเป็น ศูนย์วิทยาศาสตร์